兩種方式都可以，您可以使用手機APP填報專項附加扣除信息，并選擇申報方式。

如果您選擇申報方式為“通過扣繳義務人申報”，單位可以使用扣繳端軟件，獲取您填寫的專項附加扣除信息，按月計算應預扣預繳稅款后，向稅務機關辦理全員全額納稅申報。在這種方式下，您可以在預扣預繳期間享受扣除。如果您未能及時報送，也可在以后月份補報，由單位在當年剩余月份發放工資時補扣，不影響您享受專項附加扣除。

如果您選擇申報方式為“綜合所得年度自行申報”的，納稅人直接向稅務機關提交信息，扣繳單位無法獲取到納稅人的專項附加扣除信息。在這種方式下，納稅人在年度匯算清繳時才能享受扣除并辦理退稅。

通過扣繳義務人申報和綜合所得年度自行申報區別區別在于：通過扣繳義務人申報的，意味著通過公司來代扣，適合上班族，選擇這項后單位會獲得你的申報信息，幫你申報幫你代扣，年終不需要再進行核算和申報，對于上班族來說比較省事。綜合所得指的是工資薪金所得、勞務費收入所得、稿酬所得、特許權使用費所得四項收入合一的綜合收入，這種方式預扣預繳的稅率非常高。

因為個人所得稅（綜合所得）是按月預繳，按年申報。

就是說按年才能準確算出要繳納多少稅。（多退少補）

每個月交的只是預繳，年度結束后第二年3月1日至6月30日在APP做一次

綜合所得年度自行申報。（以前是12萬以上才要申報）

現在廣東2020年3月27日起開放（我是廣東的），3月18日云南、青海兩省先行開放了綜合所得年度匯算手機APP等遠程辦稅渠道，3月23日又開放了山西、廣西、貴州、大連四地。

下載個人所得稅APP，里面說的清楚，也可以看到自己的個稅繳納情況、六項專項扣除情況。還可以修改。可能可以退稅。

所以下載個人所得稅APP去看看吧，又不虧。

扣繳義務人是指非居民企業在中國境內未設立機構、場所的，或者雖設立機構、場所但取得的所得與其所設機構、場所沒有實際聯系的，其來源于中國境內的所得繳納企業所得稅，實行源泉扣繳，以支付人為扣繳義務人。 扣繳義務人既非純粹意義上的納稅人，又非實際負擔稅款的負稅人，只是負有代為扣稅并繳納稅款法定職責之義務人。它的義務由法律基于行政便宜主義而設定，為法定義務。它同樣要面對國家和征稅機關，常常會同時扮演納稅人的角色，他們的很多基本權利應該是一致的。

個人所得稅專項附加扣除可以選擇“通過扣繳義務人申報”或“綜合所得年度自行申報”進行申報，很多人不明白兩者的區別，那么個人所得稅的申報方式應該怎么選擇呢？

　　“通過扣繳義務人申報”是指公司可以使用扣繳端軟件，獲取到納稅人填寫的專項附加扣除信息，按月計算應繳應扣的稅款后發放稅后工資。“綜合所得年度自行申報”是指納稅人可以不通過公司即扣繳義務人，而是在次年3月到6月年度匯算清繳時，自行通過個人所得稅APP等途徑申報其他所得或專項附加扣除。

　　自行申報主要是給綜合所得超過6萬元的需要退稅或補稅的納稅人年度匯繳時提供方便，平常選擇通過扣繳義務人申報即可，稅款按月在工資中扣繳。不愿意公司從專項附加扣除信息中知曉個人隱私的，或有其他收入所得的也可以根據實際情況選擇自行申報。

　　以上即為個人所得稅申報方式的介紹和如何選擇的解答，希望對你有所幫助

自行申報是按照稅務局的要求每年按照時間節點在app軟件上自行填寫個人收入或者自行去稅務局自行上報個人收入，而通過扣繳義務人申報就是自己所在單位給你的工資收入報給稅務局

沒有扣多少合理這種說法，本身扣多少是稅務局扣的，跟企業沒有一毛錢關系。

再就是合同寫的稅后收入，那么這筆補繳稅款就應該公司出，不管稅務局扣多少，勞動者只要到手的錢和合同一致就行，其他的事應該公司財務去處理。